為防止系統交叉污染，美國FDA《高純水檢查指南》建議換熱器可采用如下兩種方法，第一，采用雙板管式設計（DTS，double-tube sheet）；第二，連續監測兩側壓差，并保證潔凈端壓力始終高于非潔凈端。采用雙板管式設計為目前制藥用水系統用換熱器的主流方式，如多效蒸餾水機的預熱器與主蒸發柱、儲存與分配系統用換熱器及用點降溫用換熱器等，圖1是一個典型的雙板管式換熱器設計原理圖，在兩塊板片之間會有方便觀察的泄漏檢測口，在管與管板連接的位置發生泄漏的情況下，泄漏直接通向大氣而非進入工藝流中。然而，需要注意這一設計特性不會解決因管路故障產生的相關問題。如果能夠確保較高純度的流體始終具有相對更高的壓力，例如多效蒸餾水機的二效與末效之間，也可以使用單管板換熱器，在這些蒸發器中，多效蒸餾水機的設計決定純蒸汽是否將處于較高壓力狀態。

管殼式換熱器采用液壓脹接與自動焊接技術相結合，最大限度地保證工藝流程的安全性，部分供應商也能實現雙脹接技術。管殼式換熱器在封頭兩端各有一個符合FDA標準的O型圈, 易于維修更換備件。密封圈材質通常為EPDM, Silicon、 Vition與Teflon，溫度均能達到250℃。管程換熱內管采用8x1、10x1、12x1等不同規格的無縫鋼管，殼程也采用不銹鋼鋼管作為套管，冷熱流體分別在內管和套管環隙中流過的同時進行傳熱，冷熱流體各走各的通道，不相混合，徹底避免交叉污染。